Midt i det fordums så fattige, af hav og sand hærgede sogn ligger kirken, der i sin bygnings-historie afspejler stedets udvikling. Indtil 1910 lå her en lille kirke fra middelalderens slutning, opført af havsten og tegl med bjælkeloft i skibet, hvælv i koret og et tårn ved vestgavlen. Harboøres hastige vækst og intense religiøse liv medførte, at denne beskedne kirke i 1910 måtte vige pladsen for den nuværende, således at kun småpartier at det gamle tårn er i behold mest indkapslet i nyt murværk. Som kirken nu fremtræder er den et værk af arkitekt K. Varming fra 1910. Den består af kor og skib med udbygning mod nord samt et vesttårn. Selve kirken er rejst af lidet flatterende cementstøbte kvadre med et rund vindue i korets østgavl og store rundbuevinduer. Tårnet af mursten er hvidkalket, og de nye overetage med rundbuede glamhuller afsluttes af et let opskalket, teglhængt pyramidespir. En rundbuet granitportal i sydsiden fører ind til det hvalvede underrum, der fungerer som forhal. Skibet har et træloft med fri, synlige bjælker og bued afsnit i tre afsæt, medens koret har tøndehvælv og korbuen er rund. Kirken er istandsat 1959 af arkitekt Edvard Thomsen.

Meden den gamle kirke praktisk talt er forsvundet, er der bevaret en hel del af dens inventar i den nye. Altertavlen er ganske godt snedkerarbejde i renæssance vel fra 1600-talletsnførste årti. Den har fire toskanske søjler, vinger og tosøjlet topstykke. I felterne er der i 1910 indsat malerier af Axel Hou - Kristus tager børnene i favn, omgivet af fiskere og bønder i nutidsdragter, samt i topstykket engle, der trakterer nutidige musikinstrumenter. Et sæt tarvelige altermalerier er ophængt i bygningen. Kalken består af en sengotisk knop med nygotisk fod og bager. Der er et par små, sengotiske stager og én meget kraftig, også sengotisk. Den romanske granitfont er et meget groft stenhuggerarbejde med fire hoveder på kummen og keglestubfod med hjørneknopper og lisener. Et stort sengotisk korbuekrucifiks fra begyndelsen af 1500-tallet er ophængt i kirken. Prædikestolen, sikkert fra samme værksted som altertavlen, er karnapformet med koblede joniske søjler og arkadefelter under samtidig himmel. Stafferingen er ligesom på det øvrige træinventar fra 1959 ved Ernst Trier. Belysningen er moderne, fra 1959, og som den sømmer sig i en fisker- og sømandskirke er der ophængt skibsmodel, "Håbet" - bark fra 1915 (den femmastede bark "Nina" fra 1915 er fjernet). Orglet er ligeledes nyt, med 8 stemmer og pedal.

Bag på altertavlen er der mindeskrifter over fire børn, druknede ved fremmede skibes forlis, og i skibet en mindetavle over to forulykkede fiskerlav, 1862 og 1863. Også på kirkegården er der talrige minder om havets ofre bl.a. en sten over de 26 fiskere, der omkom 21. november 1893, hvor begravelsen vakte stort religiøs røre i sognet. Nævnes kan også de otte mand fra den russiske fregat "Alexander Newsky", der forliste 1868 (næste 800 blev reddet) samt et tysk U-bådsmandskab på 25 mand, fra første verdenskrig. På kirkegårdens nordside er der 1942 rejst en mindemur med marmorrelief over druknede fiskere.

De Danske Kirker, bd. 15, s. 122-24.