Omtrent midt i det langstrækte, flade havsogn knejser Harboøres hvid. kalkede statelige kirketårn med det røde pyramidetag. Tårnets nederste trefjerdedele er de eneste rester af den gamle, gennem århundrederne stærkt ombyggede middelalderlige kirkebygning, nedrevet 1909.
De bedste dele af den gamle kirkes inventar indpassedes i det nye, større kirkerum og skal kort omtales. Ingen af genstandene kan siges at være kunsthistoriske seværdigheder, men betragt hver ting med ærbødighed som vidnesbyrd om en fattig menigheds offervilje mod sin kirke gennem tiderne.

I den store pests tid 1602 lod en stor del af sognefolkene sig opskrive til at give penge til kirkens behov. Det efterhånden indsamlede beløb må antages at være baggrunden for, at kirken i 1605 kunne udstyres med den endnu bevarede anselige renæssancealtertavle. Tavlen synes at være fremstillet i sognet af en udefra hentet snedkermester, hvis navn og hjemsted ikke er overleveret. Den ældeste staffering, der er gået tabt ved senere restaureringer, var udført af en Morten Maler, måske fra Holstebro.

Ifølge en noget usikker tradition har de oprindelige alterbilleder forestillet Nadverens indstiftelse og Kristi opstandelse. I nordre sideskib hænger et senere sæt alterbilleder malet i 1845 af J.B. Gjørup, Lemvig, med forlæg i Leonardos Nadver og et par af Thorvaldensens apostle. De nuværende malerier er udført af Axel Hou i 1910. En tradition om at skaren, der flokkes omkring Kristus tagende børnene i favn, skulle være malet efter folk fra sognet, er tvivlsom.

Kirkens ældeste stykke inventar er den romanske granitfont. Fire grofthuggede menneskehoveder i højt relief pryder den ellers glatte kumme stående på en samtidig fod. Det er tankevækkende, at mindst 25 generationer af Harboøreboere kan være døbt her. Af type er fonten dog usædvanlig for Vestjylland og kan engang i tiden være tilført andetsteds fra.

Kirken ejer et par små gode gotiske malmalterstager, der må dateres til tiden omkring år 1500. De svagt tilspidsende skafter er forsynet med tre let afrundede lidet fremspringende vulster. Drybskålenes rande er gennembrudt i murtindeform, og i væggen er gennemboret runde huller i grupper på fem i kløverbladarrangement. Alle dele af stagerne har svagere og kraftigere ind- og opdrejede profilringe. Oprindelig synes stagerne at have haft tre senere affilede ben. Der er intet støbermærke og ingen inskription.

Det andet sæt alterstager er meget kraftige messingstager, hvoraf den ene er en kopi fra nyeste tid.

Fod og drypskåle er omtrent identiske, skaftet plumpt med en enkelt kantet vulst på midten. Den ældeste indskriftløse stage kan ud fra stilen med forsigtighed henføres til renæssancen.

Ifølge indskrift af den sekspasformede fod af kirkens ældste alterkalk er denne skænket i 1675 af Mads Jensen Hygum, sognepræst 1668-1677, og hustru. Et lille støbt krucifiks er påloddet en af fodens tunger. På fodranden er indgraveret et bomærkeagtigt mestermonogram, såvidt vides uidentificeret. Stilken med knop er formentlig samtidig med foden, men kan også være overført fra en ældre kalk. Koppen er glat, fra nyere tid og forsynet med hældetud.

Prædikestolen og himmelen over er fremstillet i 1618, ligeledes bekostet af menigheden efter indsamling. Snedkerne er ukendte og den oprindelige bemaling kendes ejheller. Ved restaureringen i 1909 var portalfelterne udstyrede med apostelbilleder efter Thorvaldsens billedhuggerarbejde.
Vestligt på skibets sydvæg hænger en prunkløs mindetavle over 2 bådelav, der med et halvt års mellemrum forulykkede i 1862-1863. Besætningerne var fiskere fra Søndersogn, den nordlige del af Vrist og Tøt.